在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。
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城市中出现了来历不明的光病毒。 SRC中的Eyes队成员为要确认光源搜寻至镝矢岛，遇上了对怪兽充满爱心的预备飞行员春野武藏。此时，光病毒入侵怪兽力特里亚斯体内，力失控，Eyes准备向力发动攻击，武藏决要阻止，危急中，超人高斯终于回来。
"名字被写在这个笔记本上的人会死"死神琉可拥有这样的死神笔记本，却将它遗失在人间。天才高中生夜神月捡到这本笔记本，本以为是恶作剧的他，在笔记本上写下了电视中播放的罪犯的名字，确认了笔记本能力的真实性。厌倦腐朽世界的夜神月使用笔记本的力量，开始杀死犯罪者，以此希望建立一个没有犯罪的美好理想世界，而自己成为“新世界的神”。连续罪犯死亡事件，吸引了全世界警察的目光，更吸引了世界第一名侦探L的注意，L能否将被崇拜者称为“基拉”的夜神月逮捕？一本死神的笔记本，拉开了天才与天才之间卓越巅峰的头脑战争的序幕。本已对人间失去兴趣的琉可，在旁观惊心动魄的斗智过程中感叹“人类，真有趣。
2070年，东京上空突然出现了貌似侵略兵器的巨大物体，一时间，日本突然停电，闹得鸡飞狗跳。正当人类陷入困境的时候，不知从哪里又冒出一个与“侵略兵器”大小相仿的大家伙，一番对打之后，危机竟化解于无形。次日，面对新闻界的质疑，日本政府慢条斯理的回答：“啊，那个外星人啊，有的啊。”于是全日本顿时炸了锅，神奈川县天网市的御统中学也未能免了俗，就在大家兴奋不已的这一天，转来了一位名叫“统原无量”的转校生。关于天网市，不，关于地球乃至宇宙的一切秘密就从这一天开始……
